(一)基础设施与管理不完善
由于我国的环境工程污水处理工作的开展时间较晚，因此我国与发达国家之间在设备配置、设备研发等方面存在着一定的差距。除此之外，受到经费、管理观念等因素的影响，我国部分环境工程污水处理模式中应用的设备较为陈旧，某些污水处理厂甚至存在污水处理设备超出使用年限的问题。武汉污水处理介绍工程污水存在的问题另外，很多城市在污水处理方面只重视污水处理厂的建造规模和排水管网主干道的规模，而对手机支管与结户支管的建造却不够重视，导致污水收集管网的配套效率低，使其作用不能有效地发挥出来甚至无法利用。
(二)城市污水处理管网设计问题
城市污水管网作为收集和输送污水的重要设施，其主要任务在于更好的输送污水和处理污水，然而目前很多武汉污水处理厂污水处理管网设计存在的主要问题在于未实施分流设置，导致在建设污水处理设施过程中参数设计不够合理，无法对水质做出准确分析，大大降低了污水处理质量。
(三)污水处理工艺问题
污水处理工艺是环境工程污水处理工作的主要影响因素。目前我国各大污水处理厂存在着不同程度的污水处理工艺问题。工艺问题间接降低了污水厂的污水处理效率。处理效率问题与以往相比，我国城市的生活污水、工业污水等发生了显著增加。在这种情况下，部分环境工程污水处理模式并未随之发生变化，因此其处理效率无法满足变化的污水处理需求。为了解决水资源短缺问题，我国的后续环境工程污水处理工作需要在保证污水处理质量的基础上，逐渐提升污水处理效率，促进城市居民生活用水、工业生产用水等环节形成良性循环。
(四)处理厂自身存在的问题
一直以来，我国城市污水处理设施经营为政府垄断，由于不对称的信息基础，经营机构缺少有效的制约发展机制、竞争机制、内在的成本监督机制，这些机制的缺乏导致经营机构的利润来源为成本膨胀，进一步导致在经营方面的巨大效率损失。污水处理经营机构不能降低运行成本，使得经营机构冗员严重。另外，尽管当前所有的武汉污水处理厂所排放的污水虽都能达标，但对在处理过程中所留下的淤泥卻未能进行合理处置;加之污水在处理过程中所释放的废气不仅对污水处理厂的环境造成了严重的影响，也危害到了工作人员和周围居民的身体健康。
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